Năm 2004, cá mập yêu tinh được IUCN phân vào loài ít quan tâm nhưng trên thực tế chúng lại là loài được " quan tâm nhất " bởi hình dáng kỳ dị ít được biết đến. Lý do là dù cá mập yêu tinh bắt gặp tương đối hiếm trong tự nhiên nhưng nó là loài phân bố trên toàn thế giới, kết hợp với thực tế rằng nó không thường xuyên bị đánh bắt trong quá trình khai thác thủy sản, đảm bảo rằng loài này không có nguy cơ tuyệt chủng. IUCN mô tả các mối đe dọa lớn đối với chúng chỉ là việc đánh bắt một cách vô ý, ô nhiễm nguồn nước ở mức độ thấp, vì vậy mục đích bảo tồn loài này cũng không cụ thể.[7]

Cá mập yêu tinh thường được bắt gặp trong quá trình đánh bắt các loài hải sản biển sâu khác bởi những chiếc lưới hoặc cần câu dài. Một vài nhà sưu tầm xương quai hàm cá mập yêu tinh có nhu cầu săn những con cá này nên giá của những bộ hàm cá mập yêu tinh dao động từ 1500$ đến 4000$.[7]

Con yêu tinh đầu tiên bị bắt bởi một ngư dân người Nhật Bản tại ngoài khơi bờ biển Yokohama, Nhật Bản vào năm 1897. Mẫu này sau đó được xác định là một con cá mập đực có chiều dài 3,5 ft.[6][15]

Năm 1985, một con cá mập yêu tinh được phát hiện tại vùng biển ngoài khơi phía đông Australia.[4] Một số mẫu vật bị bắt trong vùng biển lân cận New South Wales và Tasmania và hiện đang được bảo quản tại Bảo tàng Australia.[15] Một mẫu vật dài 4 mét đã bị bắt trong vùng biển ngoài khơi Tasmania vào năm 2004 và đã được đưa vào bộ sưu tập cá quốc gia ở Hobart.[16] Còn tại New Zealand, một con cá mập yêu tinh cũng đã được đánh bắt vào năm 1988.[8]

Trong năm 2003, hơn 100 con cá mập yêu tinh đã bị bắt ngoài khơi bờ biển phía Tây bắc của Đài Loan. Những con cá mập này bắt được sau một thời gian ngắn tại khu vực có trận động đất xảy ra.[7]

Một cá mập yêu tinh được bắt bởi trường Đại học Tokai của Nhật Bản, mẫu vật đó đã chết sau một tuần. [ 13 ]Ngày 25 tháng 1 năm 2007, một con cá mập dài 1,3 m đã bị bắt sống ở vịnh Tokyo ở vùng nước sâu từ 150 – 200 m (500 – 650 ft). Nó đã được đưa đến công viên cuộc sống biển Tokyo để thả trong một hồ cá, nhưng đã bị chết hai ngày sau đó.[17][18]

Tháng 4 năm 2007, một số con cá mập yêu tinh đã được nhìn thấy bơi trong vùng nước nông tại vùng biển Nhật Bản. Đây là lần đầu tiên người ta thấy cá mập yêu tinh bơi lội ở vùng nước nông.

Trong tháng 8 năm 2008, một con cá mập yêu tinh sống được quay trong tự nhiên trên kênh truyền hình NHK (chương trình NHK Tokushuu ngày 31 tháng 8). Trong quá trình quay phim, con cá mập nhỏ có chiều dài 1,3 mét cắn vào tay một người thợ lặn, nhưng hành động này chỉ nhằm chứng tỏ chuyển động cơ hàm của chúng và cơ bản hiện nay chúng vẫn được công nhận là loài không đe dọa tới con người.